COBRA - COmputer Based RNA Analysis and prediction Progetto a cascata - Centro Nazionale
Titolo COBRA – COmputer Based RNA Analysis and prediction
Tipologia Progetto Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza
Bando
Decreto Rettorale n. 750 del 28/02/2024 dell’Università degli Studi di Bari Aldo Moro – Avviso pubblico relativo al bando a cascata a valere sul Progetto dal titolo “National Center for Gene Therapy and Drugs based on RNA Technology “ – codice identificativo MUR CN00000041 finanziato nell’ambito dell’Avviso n. 3138 del 16.12.2021 Piano Nazionale di Ripresa e Resilienza (PNRR), Missione 4 Componente 2 Investimento 1.4 “Potenziamento strutture di ricerca e creazione di “campioni nazionali di R&S” su alcune Key Enabling Technologies”– NextGenerationEU
Codice identificativo CN_00000041 UNIBA_TRACKA1
CUP H93C22000430007
Atto concessione fondi D.R. UNIBA n. 3096 del 28/08/2024
Finalità
Questo progetto ha due obiettivi principali:
Implementare una piattaforma di calcolo e storage potente e scalabile a supporto dell’analisi dei dati Omics.
In particolare, l’INFN acquisirà nuove risorse hardware e le integrerà nell’infrastruttura Cloud e HPC già operativa presso INFN-Bari, denominata ReCaS-Bari data center. Inoltre, verranno sviluppati nuovi servizi analitici per supportare la comunità Omics e implementare i servizi previsti dal progetto.
Sviluppare strumenti computazionali avanzati per l’analisi e l’interpretazione dei dati Omics, con un focus sulla modellizzazione della struttura degli RNA e delle interazioni RNA-DNA tramite algoritmi guidati dall’intelligenza artificiale. In questa fase del progetto, ci proponiamo di integrare i dati generati dalle recenti piattaforme Omics con modelli teorici robusti basati sulla fisica dei polimeri.
Metodologia
Il gruppo INFN-Bari lavorerà inizialmente alla definizione dei requisiti tecnici per l’acquisizione del nuovo hardware, interagendo strettamente con le attività scientifiche per determinare la tipologia e la quantità di risorse necessarie. Dopo l’acquisto, le risorse verranno installate e configurate in base alle esigenze dei casi d’uso scientifici, rendendo i servizi per gli utenti finali disponibili all’intera comunità Omics.
La metodologia che intendiamo adottare per questa fase del progetto combina tecniche di Machine Learning e simulazioni numeriche. In particolare, il primo passo consisterà nell’analisi, tramite inferenza basata sull’intelligenza artificiale, di dati Omics disponibili pubblicamente per identificare le molecole e la rete di interazioni necessarie alla simulazione del sistema, comprese le molecole di RNA e RNA-DNA. Una volta ottenuti questi risultati, utilizzeremo ampiamente la Dinamica Molecolare, principalmente con potenziali classici, per approfondire la comprensione della dinamica molecolare del sistema, migliorando così l’accuratezza e l’efficacia degli strumenti sviluppati.
Coordinatore Scientifico del progetto – Responsabile Scientifico INFN del progetto – Responsabile Scienfico Locale INFN-BA
Giacinto Donvito
Responsabile Amministrativo INFN del progetto – Referente Amministrativo Locale INFN-BA
Addolorata Macina
Durata
12 mesi
Inizio: 1/09/2024
Scadenza: 31/10/2025
Finanziamento Quota INFN € 721.950,00
